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第1話【給兩千年後的你】，年度爆炸性話題、討論度NO.1的動畫，由日本新生代作者諫山創的第一部連載作品改編。希干希納區居民為了自保不受巨人吞食，建造高達五十公尺的城牆，百年來未有巨人攻破。直到有一天，巨人摧毀了城牆，人們再度成為被屠殺的對象，人類才終於回想起過往被那些傢伙們支配的恐懼，以及被囚禁在鳥籠裡的恥辱。

第2話【那一天】，由於巨人的入侵，希干希納地區的居民生活遭逢巨變，夾雜在悲鳴與怒吼聲下，人們不斷逃竄，卻也無能為力，最後倖存的人搭船逃到羅塞之牆內。親眼見到母親被吞噬的艾連，在漢尼斯的拯救下逃離後，內心燃起熊熊大火，誓言要打倒巨人…。

第3話【絕望中的微微亮光】為學會殺巨人最有效的手段「立體機動術」而加入訓練兵團的艾連、米卡莎、阿爾敏，在基斯教官的嚴格訓練下，與來自不同出身地和不同觀念的同僚們，逐漸建立起同袍感情，但艾連卻不如米卡莎等人，在控制姿勢訓練中失敗了。

第4話【解散儀式當晚】，加入訓練兵團三年，在基斯教官的嚴格訓練下，艾連和米卡莎、阿爾敏終於要畢業了，但艾連卻發現學會「立體機動術」等殺巨人的技術，竟同時也是讓自己遠離巨人到安全圈去的技術，因為成績高的人，將被派到內地的憲兵團裡，在國王底下負責維持秩序…。

第5話【初陣】，希干希納區的慘劇發生後五年，艾連又遭遇到當年毀掉瑪利亞之牆的巨人，於是立刻發動立體機動裝置，想攻擊巨人的要害，但巨人卻在一陣蒸氣中消失無蹤。由於城門已被攻破，為預防巨人們的第二波進軍，艾連們準備展開防衛殊死戰…。

第6話【少女目睹的世界】，34班的同伴們紛紛倒在眼前，就連艾連也為了救阿爾敏而被巨人吞下，殘酷的事實讓阿爾敏無法接受。另一方面的米卡莎，為了救正在逃難中的居民，冷靜地壓制了商會會長，同時也回想起與艾連相識的悲慘情景來。

第7話【小小刀刃】，阿爾敏等人因為立體機動裝置快用完燃料無法登牆，正好米卡莎趕來了，提議大家趕往補給部隊所在的本部補充燃料，還率先採取行動，卻因為得知艾連喪生的消息內心動搖並失去冷靜，在面對巨人時，更喪失了求生意志…。

第8話【聽見心臟的鼓動】，阿爾敏提議誘導救了米卡莎的巨人前往駐紮兵團，好殺了其他群聚一起的巨人，於是在柯尼的掩護下，米卡莎朝向駐紮兵團前進。另一方面，約翰等人也一邊與巨人們交戰，一邊朝著目標前進，最後搶在米卡莎之前到達本部。

第9話【左手的下落】，人類與巨人在托洛斯特區展開一場死鬥，而在阿爾敏面前被巨人吞下的艾連，竟化身為巨人來救人類，還反過來殺了許多巨人，卻也因此嚇倒眾人，更讓率領駐紮兵團的基斯因為不相信他，而命令槍口對準艾連及護著艾連的米卡莎與阿爾敏。

第10話【回應】，「巨人偽裝成人類了！」由於恐懼在眾人之間傳染開來，沒有人願意聽力主清白的艾連和阿爾敏說話。就在砲彈攻擊下，艾連瞬間變成巨人，成功保護了米卡莎和阿爾敏，但空有骨骼的巨人，即將隨著蒸氣消失，艾連將做出什麼樣的決定…？

第11話【偶像】，南側領土的最高負責人皮克西斯司令，指示駐紮兵團展開托洛斯特區奪回作戰，企圖讓艾連巨人化後搬運大石封住被毀的城門，而在巨人們不斷入侵進來的此刻，更顯作戰的重要性，艾連也決定成為大家的希望…。

第12話【傷】，巨人化的艾連，竟對著米卡莎揮拳？讓托洛斯特區奪回作戰計畫，似乎蒙上一層失敗的色彩，儘管米卡莎快速閃過，但巨人化的艾連繼續攻擊，最後還揮拳打中自己，並因此無法動彈，就在此時，有三具巨人朝著艾連而來！？

第13話【原始慾望】，艾連在阿爾敏的刺激下終於覺醒，繼續執行任務用大石封住洞口，但在這期間，仍有巨人陸續入侵托洛斯特區。為避免艾連遭受巨人攻擊，精銳部隊決定捨命保護艾連，儘管任務最後終於成功，但傷亡人數也不斷攀升。

第14話【還無法直視雙眼】，對於成為巨人的艾連，民眾的反應諸多不同，越住在城牆內圍的人，越害怕艾連是會帶來毀滅的惡魔，外圍的人則將艾連當成救世主，中央政府於是決定召開審議會，以判斷該將艾連交給憲兵團還是調查兵團負責。

第15話【特別作戰班】，艾連被交給調查兵團特別作戰班，通稱為「里維班」負責看管。里維班的成員是由兵長里維為首、調查兵團中最強菁英份子所組成，也是一個充滿怪咖的單位。艾連在這樣的單位裡，將為三十天後要展開的牆外遠征做準備，更從漢吉口中聽到有關巨人實驗的種種。

第16話【目前應做的事】，調查兵團活捉回來的兩具巨人被殺，包含第104期的訓練兵都遭到調查，兇手究竟是內賊還是另有其人？而在這當中，訓練兵們必須開始選擇自己想加入的兵團，愛爾文團長直指想加入調查兵團就要有必死的決心，當大夥兒披上背後有自由之翼的制服後，第57次牆外調查即將揭開序幕。

第17話【女巨人】，米卡莎、阿爾敏、約翰等104期訓練生，全都加入調查兵團，在團長的帶領下，展開第57次牆外調查任務。所謂牆外調查通常採用長距離探敵陣形，目的在避免遇到巨人全速前進，而非與巨人正面交戰，但這次出現了擁有智慧的神秘女巨人，不但引來更多巨人，右翼探敵班也幾乎被全數殲滅。

第18話【巨樹森林】，因為女巨人的出現，讓陣形右翼探敵班遭受毀滅性的打擊，原以為會聽到撤退指令，沒想到團長只是改變前進路線，決意繼續作戰計畫。而在此期間，女巨人繼續破壞陣形，更蹂躪了許多團員，即便已快追上艾連，兵長里維仍不下達任何應變指令，就在千鈞一髮之際，里維竟叫大家捂上耳朵…？

第19話【緊咬不放】，眼看後援士兵一一被女巨人殺掉，艾連就是不明白里維班為何遲遲不出手殺死女巨人來拯救自己的同伴。艾連決定變身巨人應戰，卻被佩托拉制止，更因為佩托拉的一句話想起先前發生的事，而決定聽從里維兵長的指示。就在里維發射音爆彈後不久，女巨人正一步步走向調查兵團設下的陷阱…。

第20話【艾爾文．史密斯】，儘管犧牲眾多士兵的性命，調查兵團最終還是在巨樹森林裡成功束縛住女巨人，讓原本不明真正作戰目的的兵團成員們，終於瞭解艾爾文團長的意圖。女巨人卻突然發出慘叫，把所有巨人從四面八方吸引過來，女巨人玉石俱焚的作法讓團長間接證實了一件事：間諜已經混入士兵當中。

第21話【鐵鎚】，女巨人刻意讓其他巨人啃食自己軀體，再隨著熱蒸汽消失，隱藏在女巨人內部的人，此時已身著兵團制服混在士兵裡追索艾連。里維班的眾人要艾連全速離開，歐魯、佩托拉等人決定就地聯手殺了女巨人，艾連在目睹夥伴們的激戰後一怒之下變身為巨人，一場鬼哭神號的戰役在巨樹森林中就此展開。

第22話【敗陣的人們】，面對具有智慧的女巨人，化身巨人的艾連不但敗下陣來，還遭女巨人吞噬，雖然最終在里維和米卡莎的合作下成功被救出，但這次的牆外遠征，卻失去了里維班的四位精英及無數士兵，生存下來的士兵們不但深刻體會到牆外的殘酷，回到城牆裡後，更是被夾道的居民們冷嘲熱諷與質疑。

第23話【微笑】，第57次牆外調查作戰失敗，團長等人因政治因素必須接受王都審問，並且交出艾連，隸屬憲兵團的亞妮將負責調查兵團的戒護工作。阿爾敏求助亞妮打算將艾連暗渡陳倉，躲過移交命運，米卡莎等人喬裝搬運工，就在眾人要通過廢墟的地下道時發生爭執，而這一切竟然只是某個任務的計中計？

第24話【慈悲】，在阿爾敏的推理分析下，推斷女巨人的真實身分有可能就是亞妮，艾爾文團長因此擬定作戰計劃，這次要在牆內誘捕亞妮。但艾連內心始終不願相信曾經同是104期訓練兵的亞妮竟是女巨人的事實！？結果在緊要關頭時無法順利化身為巨人對抗亞妮，而就在眾人陷入危機的千鈞一髮之際…。

第25話【牆】，艾連最終克服心理障礙成功化身巨人，但仍被女巨人逃跑，並趁隙想爬出牆外，米卡莎飛身斬斷女巨人攀爬在城牆上的雙手，讓女巨人墜落地面，艾連因此順利制伏女巨人。此時女巨人出現結晶現象，將自己和重要情報都封死起來。女巨人事件看似告一段落，但有關城牆上巨人的秘密才正要開始…。